春日井市医師会の歴史は、古くは明治24年に県の医会設置規則により「東春日井郡医会」が設置されて、昭和となって18年に町村合併により春日井市が誕生、翌19年に東春日井郡医師会から分離「春日井市医師会」が設立されたが、第二次大戦後の昭和22年にG・H・Q占領政策により解散、新制医師会へと引き継がれました。
昭和22年11月新制度の下で「社団法人春日井市医師会」として発足、昭和33年4月には高蔵寺町、坂下町が春日井市へ合併したのに伴い、医師会も東春日井郡医師会の高蔵寺町、坂下町、小牧市の区域を春日井市医師会に併合、翌34年4月、名称を「春日井医師会」と改称。

その後昭和39年に「春日井・小牧市医師会」と改称したが、昭和53年4月小牧市地区が分離独立したため再び「春日井市医師会」と名称を改め今日に至っています。
この間、昭和32年には准看護学校の開設、平成4年4月病診連携室開設、平成8年7月の春日井小牧地域産業保健センター開設、平成9年4月訪問看護ステーション、同11年11月在宅介護支援センター（現地域包括支援センター）、同1２年4月ヘルパーステーションを設置開設するなど地域医療・福祉の向上に努めてきました。

また、昭和34年9月の伊勢湾台風時あるいは平成6年4月名古屋空港における中華航空墜落事故の際には医師会医療救護班が救護活動に従事、昭和34年10月からは休日輪番当直制を開始し、その後平日夜間当直、さらに今日の休日・平日夜間急病診療所業務へと引き継がれるなど救急救護活動にも力を注いでいます。

平成22年3月末をもって53年にわたって運営してきた春日井准看護学校を閉校いたしました。

平成26年5月26日より春日井市健康管理センター建物の廃止に伴い、春日井市医師会事務所は、「春日井市総合保健医療センター」に移動し、業務を始めました。